1. Tsukoyomi.
Tsukoyomi tercatat menjadi salah sastu genjutsu terkuat yang pernah ada. Nama tersebut mewakili "Dunia Spiritual dan Kegelapan". Tsukuyomi membutuhkan kontak mata untuk dapat digunakan, yang kemudian menjebak korban ke dalam ilusi yang dikendalikan oleh penggunanya.
2. Amaterasu.
Amaterasu merupakan salah satu Dojutsu Mangekyou Sharingan dan merupakan kemampuan tertinggi dari Elemen Api, Amaterasu akan terus menyala selama tujuh hari tujuh malam. Api tersebut tidak bisa dipadamkan walaupun terkena hujan hanya pengguna yang dapat memadamkan api tersebut.
3. Susanoo.
Susanoo yaitu makhluk raksasa yang terbuat dari chakra pengguna yang mengelilingi tubuhnya dan bertarung dengan kendali mereka. Teknik ini adalah kemampuan terkuat bagi seseorang yang memiliki Mangekyou Sharingan, dan bahkan merupakan teknik yang paling langka untuk dapat dikuasai.
4. Kotoamatsukami.
Kotoamatsukami adalah teknik mangekyou dari Shishui yang mampu mengendalikan genjutsu milik lawan bahkan Edo Tensei sekalipun. Mata Shishui ini pernah dititipkan pada burung gagak yang bersembunyi didalam tubuh Naruto, Berkat burung gagak tersebut, itachi berhasil terlepas dari Edo Tensei.
5. Izanagi.
Menurut Madara Uchiha, ini adalah jurus yang paling kuat dari genjutsu seorang individu, serta dapat dilemparkan pada diri mereka sendiri. Ketika diaktifkan, pengguna menghilangkan batas-batas antara realitas dan ilusi dalam diri mereka. Sehingga memungkinkan pengguna untuk mengontrol Eksitensi diri mereka sendiri.
Untuk memulai teknik ini, setelah memilih saat-saat tertentu, pengguna menggunakan Sharingan mereka untuk mengingat sensasi fisik lawan mereka secara instan seperti Foto. Pengguna kemudian harus sengaja meniru sensai yang sama dan dengan cara yang sama, mengingatkan kembail sensasi tersebut dengan Sharingan mereka.
Itulah beberapa jutsu khusus yang hanya bisa dipakai oleh pengguna Mangekyou Sharingan.